Bệnh lây truyền qua thực phẩm (ngộ độc thực phẩm) là nguyên nhân rất thường gặp gây các triệu chứng tiêu hóa cấp. Bệnh nhân này có thời gian ủ bệnh ngắn (nghĩa là độc tố đã được hình thành từ trước chứ không phải là sau khi vi khuẩn tăng sinh trong đường tiêu hóa) kèm triệu chứng đường tiêu hóa trên nổi bật nên tác nhân nghĩ đến nhiều nhất gây ngộ độc thực phẩm là tụ cầu.

Bệnh nhân nhiễm một số chủng E coli (thường sản sinh độc tố Shiga) sẽ biểu hiện tiêu chảy lẫn máu và sốt. Chủng E.coli O157H7 thường gây hội chứng tán huyết ure huyết cao (hemolytic uremic syndrome, HUS); tác nhân này có thể lây truyền qua thịt bò chưa nấu chín hoặc rau sống tiếp xúc với phân bò.

Bệnh nhân nhiễm Salmonella thường do ăn thịt hoặc trứng của gia cầm bị nhiễm, ngoài ra tiếp xúc với rùa, thằn lằn và các loài bò sát khác cũng là nguồn lây thường gặp. Viêm dạ dày ruột do Salmonella thường gây sốt và tiêu chảy lẫn máu.