Bất lợi lớn nhất của van sinh học là tốc độ phá hủy van nhanh hơn và vòng đời ngắn hơn hơn van cơ học. Hầu hết van cơ học có vòng đời ước tính khoảng 20-30 năm. Ngược lại, trong số bệnh nhân thay van sinh học lấy từ lợn thì 1/3 cần thay van lần nữa sau 10 năm, và 1/2 cần thay van lần nữa sau 15 năm.

Bệnh nhân có thể lựa chọn van cơ học hoặc van sinh học. Van sinh học thường gặp nhất là từ động vật (thường là lợn), van từ người đã chết và tự thân (lấy từ van động mạch phổi) ít gặp hơn. Bệnh nhân thay van cơ học thường có biến chứng huyết khối thuyên tắc. Trong khi biến chứng này lại ít gặp sau tháng thứ 3 ở bệnh nhân thay van sinh học. Do đó, nếu không có rung nhĩ thì hầu hết bệnh nhân thay van sinh học không cần sử dụng kháng đông kéo dài. Đối với nhiều bệnh nhân, đây là một lợi điểm quan trọng vì giúp giảm nguy cơ xuất huyết do dùng kháng đông kéo dài.

Khả năng dung nạp với tăng cung lượng tim trong thai kì là tương đương nhau giữa hai loại van. Van cơ học cần sử dụng kháng đông kéo dài như warfarin. Warfarin có khả năng gây dị tật thai nhi, do đó phụ nữ thay van cơ học và chuẩn bị mang thai cần chuyển sang heparin đường tiêm trước khi thụ thai và duy trì trong hầu hết thai kỳ, tuy nhiên heparin đường tiêm bất tiện và tốn kém hơn warfarin.

Bệnh nhân thay van sinh học làm tăng nguy cơ viêm nội tâm mạc nhiễm trùng, do đó kháng sinh dự phòng được khuyến cáo trước và sau khi thực hiện thủ thuật nguy cơ cao. Khuyến cáo mới đã loại trừ một số thủ thuật cần dùng kháng sinh dự phòng, tuy nhiên thủ thuật răng miệng liên quan đến nha chu vẫn được khuyến cáo. Khuyến cáo này áp dụng cho toàn bộ bệnh nhân thay van bất kể vị trí hay loại van.

Tất cả bệnh nhân thay van đều cần theo dõi thường xuyên. Nhiều chuyên gia khuyến cáo theo dõi bằng siêu âm tim mỗi năm kể từ năm thứ 5 sau thay van.