Bệnh Crohn (Crohn disease) bắt nguồn từ đoạn xa hồi tràng và đoạn gần đại tràng, ảnh hưởng đến toàn bộ độ dày của thành ruột (xuyên thành). Bệnh tiến triển không đều với các tổn thương xen kẽ và có thể ảnh hưởng đến bất kỳ phần nào của đường tiêu hóa từ miệng đến hậu môn. Các triệu chứng thường bao gồm tắc nghẽn và đau bụng. Các tổn thương điển hình liên quan đến bệnh Crohn là lỗ rò, áp xe, sỏi và dấu hiệu “chuỗi hạt” nhìn thấy trên X-quang barium. Nguy cơ ung thư đại tràng tăng nhẹ và bệnh nhân thường tránh phẫu thuật cắt đại tràng vì có thể làm bệnh trầm trọng hơn.

Viêm loét đại tràng (ulcerative colitis) bắt nguồn từ trực tràng và chỉ ảnh hưởng đến lớp niêm mạc và lớp dưới niêm mạc của thành ruột. Bệnh tiến triển đoạn gần một cách liên tục từ trực tràng mà không bỏ sót vùng nào và thường giới hạn ở đại tràng, hiếm khi lan đến hồi tràng. Các triệu chứng chủ yếu bao gồm tiêu chảy ra máu. Các tổn thương điển hình trong viêm loét đại tràng bao gồm giả polyp, dấu hiệu “ống chì” trên X-quang barium và phình đại tràng nhiễm độc. Nguy cơ ung thư đại tràng tăng cao rõ rệt và bệnh nhân thường cần phẫu thuật cắt bỏ toàn bộ đại trực tràng (proctocolectomy) và tạo thông nối hồi tràng (ileoanal anastomosis).